Близко стоял к генералитетскому дому первый казахский просветитель Чокан Валиханов (1835—1865). По окончании в 1853 г. Омского кадетского корпуса он был оставлен при Госфорде, а через год стал его адъютантом. С этого времени начинается кипучая деятельность Валиханова. Он участвует в поездке Госфорда по Центральному Казахстану, Семиречью и Тарбагатаю. Это путешествие (в 1854—1855 гг.) положило начало глубокому изучению Валихановым истории казахского народа и его быта.
Шлагинтвейн Адольф (1829—1857) — немецкий ученый, географ, естествоиспытатель, путешественник. В 1854—1857 гг. провел исследования в Индии и Центральной Азии, собрал обширный материал по географии и этнографии, дал описание своего путешествия. Был публично казнен 26 августа 1857 г. в Кашгаре ходжой Валихан-тюре. 
Отсеченная его голова была поставлена на башню, сооруженную из человеческих голов.

Из Омска в 1856 г. Чокан Валиханов принял участие в крупной военно-ученой экспедиции, организованной под начальством полковника М. М. Хоментовского. Находясь два месяца среди дикокаменных киргизов, Валиханов собрал большой материал по их языку, записал много преданий. Во время путешествия он совершил поездку по берегам Иссык-Куля и восхождение на вершины Тянь-Шаня. В ряде маршрутов Ч. Валиханов ездил вместе с П. П. Семеновым-Тяньшанским.

Под влиянием П. П. Семенова-Тяньшанского Валиханов уехал в Петербург, где слушал лекции в университете.
Большой научный подвиг совершил Чокан Валиханов в предпринятом им в 1858—1859 гг. путешествии в Кашгар.
В то время Кашгария представляла собой «белое пятно» на карте Азии. Это был неизведанный край, сведения о котором проникали лишь из уст купцов.

Вышедший из Семипалатинска, большой купеческий караван 28 июня 1858 г. остановился у аула в 30 километрах от г. Кайала. Здесь к каравану присоединился статный молодой человек в одежде азиатского купца. Караван-баши встретил его приветливо, отдал в управление отдельную часть и походную юрту, а спутникам представил молодого человека в качестве своего родственника Алимбая. Никто не подозревал, что под видом азиатского купца ехал офицер русской армии — Чокан Валиханов.

Началось кашгарское путешествие. Большие лишения и трудности встречались на пути следования каравана: узкие обрывистые ущелья, опасные подъемы и спуски, снежные бураны в горах, набеги разбойников.

27 сентября караван подошел к небольшой крепости, обнесенной глинобитной стеной с башнями. После осмотра и опроса пограничными властями караван был пропущен в Кашгар. Чокан Валиханов и караван-баши были торжественно приняты кокандским аксакалом (чиновником), взявшим их под свое покровительство.

На всем пути и в самом Кашгаре Ч. Валиханов производил записи о всем, что видел, описывал подробно рельеф, климат, флору, фауну. Встречи с купцами разных стран позволили собрать сведения по истории, этнографии, статистике, торговле соседних народов. С помощью новых знакомых Ч. Валиханову удалось приобрести ряд уникальных восточных рукописей, составить нумизматическую коллекцию, коллекцию горных пород, гербарий и т. д.

Во время экспедиции Валиханов сделал большое количество карандашных зарисовок, воспроизводящих жизнь и типы людей Восточного Туркестана.
11 марта Чокан Валиханов покинул Кашгар. 12 апреля он прибыл в Верный (ныне Алма-Ата). Пробыв здесь около полутора месяцев, он вернулся в Омск.
Результаты кашгарской экспедиции Валиханова были весьма плодотворны. Они вызвали огромный интерес в правительственных сферах и среди ученых. О путешествии в Кашгар Валихановым написана капитальная работа.

Чокан Валиханов прибыл в Петербург осенью 1859 г. Здесь он был принят как отважный путешественник. Весной 1861 г. тяжелая болезнь заставила его оставить северную столицу. Он отправился в родную степь. Восстановить свое здоровье Чокан Валиханов не смог. В апреле 1865 г. он скончался.